home/categories/bioinformatics/gptomics-bioskills-rna-quantification-tximport-workflow-skill-md
bioinformaticsresearch

bio-rna-quantification-tximport-workflow

Import transcript-level quantifications from Salmon/kallisto into R for gene-level analysis with DESeq2/edgeR using tximport or tximeta. Use when importing transcript counts into R for DESeq2/edgeR.

GPTomics
maintainer
GPTomics
آخر تحديث 2/13/2026
النجوم
471
التفرعات
81
quick start

Installation and usage

Import transcript-level quantifications from Salmon/kallisto into R for gene-level analysis with DESeq2/edgeR using tximport or tximeta. Use when importing transcript counts into R for DESeq2/edgeR.

التثبيت
$ install --globalskills.sh
الاستخدام

بعد التثبيت، يمكنك استخدام هذه المهارة بتشغيل الأمر التالي في الطرفية:

skills use bio-rna-quantification-tximport-workflow